Die Pfarrei Waldstetten wurde im 12. Jahrhundert zum ersten Mal erwähnt, sie war damals im Besitz von Kloster Elchingen.
Die alte St.Martin-Kirche, die das Kloster Elchingen um 1776 durch allzu große Sparsamkeit von einem schlechten Baumeister erbauen ließ, musste 1851 wegen Baufälligkeit abgebrochen werden und an gleicher Stelle wurde 1851-53 der heutige, in neu-romanischem Stil gehaltene Kirchenneubau erstellt.
Im Jahr 1954 wurde eine Außenrenovierung und im Jahr 1957 eine Innen-Modernisierung durchgeführt. Allerdings fielen dieser Baumaßnahme die über 100 Jahre alten Fresken zum Opfer.
In den Jahren 1989-91 besann man sich bei umfangreichen Renovierungsarbeiten wieder auf die Innenausstattung aus der Entstehungszeit der Kirche. Man hat die Fresken und Malereien wieder freigelegt sowie das Chorgestühl und die Kreuzwegstationen in ihrer ursprünglichen Form wieder eingebaut.
(aus der Chronik von Gregor König mit dem Titel "Von Walastede nach Waldstetten")