Ichenhausen war nach Günzburg eine der frühesten Pfarreien dieser Gegend. Zum Pfarrbezirk Ichenhausen gehörten Heubelsburg, Ellzee, Wattenweiler, Höselhurst, Blaichen, Unterrohr und ein Teil von Behlingen. Kirchensatz und zugehöriges Kirchengut war im Besitz der Bischöfe von Augsburg, die denselben als Lehen vergaben. Im letzten Viertel des 14. Jahrhunderts stifteten die Lehensträger, die Herren von Ellerbach, mit Zustimmung des Augsburger Bischofs ihre Ichenhauser Besitzungen und den Kirchensatz dem nahegelegenen Kloster Wettenhausen, das bis zur Säkularisation im Besitz des Patronatsrechtes war.
1392 ist das erste gesicherte Datum für eine mittelalterliche Kirche. Der gotische Kirchenbau besaß einen dreiseitig geschlossenen Chor mit äußeren Strebepfeilern. 1744 war diese Kirche so baufällig geworden, dass sie abgetragen werden musste. Im Jahr darauf wurde unter dem Thannhausener Baumeister Johann Kaspar Radmiller ein neuer barocker Kirchenbau errichtet und am 19. September 1747 eingeweiht. Von der damaligen Ausstattung sind heute neben kleineren liturgischen Geräten nur noch das Oberteil des Kreuzaltares, eine Holzplastik des Johannes Nepomuk und eine Antonius-Gruppe erhalten.
Durch einen Blitzschlag im Jahre 1835 brannte die barocke Kuppel des Turmes völlig ab, im Jahr darauf wurde sie durch eine achteckige Turmspitze ersetzt. 1862-64 fand eine grundlegende Erneuerung des Kircheninneren statt. Bereits 1889/90 war erneut eine Innendekoration der Kirche nötig. Sie wurde unter Leitung des Architekten Müller aus München vorgenommen.
1963/64 wurde die Kirche durch einen Langhausneubau in Nord-Süd-Achse erweitert, wobei der Turm und der alte Chor erhalten bleiben sollte. Bei Unterfangungsarbeiten des baufälligen Turmes aber stürzte dieser am Ostermontag, den 30. März 1964 ein und zerstörte Chor und Schiff der alten Kirche, sodass diese ganz abgerissen werden musste. Die Abänderung des ursprünglichen Planes durch Verlängerung des Kirchenschiffes nach Norden und Neubau einer Taufkapelle anstelle des alten Chores waren die Folge. Am 2. Juli 1967 erfolgte die Weihe der neuen Kirche durch H. H. Bischof Dr. Josef Stimpfle von Augsburg.