Ebersbach war eine sehr alte Pfarrei. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts besaß ein gewisser Gebehardus Miles das Patronatrecht der dortigen Kirche. Er schenkte dem Kloster zu Wettenhausen ein Landgut. Am 13. November 1219 beurkundete Bischof Sifrid von Augsburg diese Schenkung.
Die heutige Kirche wurde 1720 neu errichtet. Der Turmunterbau und der Chor sind wohl älter. Johann Georg Wolcker gestaltete um 1745 in den Fresken Szenen aus dem Leben der heiligen Ottilia. Etwa zur selben Zeit entstand der Rokoko-Altar mit der Darstellung der Mutter Gottes und dem Johannesknaben sowie die Gemälde mit den Szenen aus dem Leben Johannes des Täufers.
Während der Säkularisation 1803 wurde die Pfarrei Deubach neu organisiert. Die Pfarrei Ebersbach wurde dabei aufgelöst und gehört seitdem als Filialkirche zu Deubach.