Autenried ist seit etwa 1430 eigenständige Pfarrei. Der erste Seelsorger, der namentlich bekannt ist, war Jakob Ruf, der 1531 als Pfarrer und Dekan tätig war.
Während der Amtszeit von Pfarrer Johann Dele von 1708 bis 1732 wurde die Kirche neu errichtet. Dele war zuerst gegen den Neubau, da er um die Kirchenstiftung fürchtete. Daher zog er auch wegen der hohen Kosten anstatt des Turmes einen Dachreiter auf der Westseite der Kirche vor. Für die Ausschmückung der Kirche stellte Dele nicht unerhebliche Mittel zur Verfügung. Er wurde nach seinem Tod in der Kirche beigesetzt. Seine Grabplatte befindet sich an der Wand beim nördlichen Seitenaltar.
Nachfolger Deles wurde von 1733 bis 1748 Johann Georg Sartor, dem Johann Georg Rathgeber folgte (1748-1781). In dieser Zeit wurde die Donatuskapelle angebaut und so der Kirche ihr heutiger kreuzförmiger Grundriss gegeben.
Unter Michael Kupfer (1883-1909) wurde der Turm erbaut und die Kirche restauriert. Ihm ist es zu verdanken, dass bei der Restaurierung die wertvolle barocke Inneneinrichtung erhalten blieb. Zu dieser Zeit wurde auch ein sehr schönes Geläut angeschafft. Dieses überstand den ersten Weltkrieg unbeschadet, wurde dann aber im zweiten Weltkrieges abgenommen und eingeschmolzen.